Divadlo Komedie od roku 2002, kdy se oddělilo od Městských divadel pražských, provozovalo Pražské komorní divadlo. V roce 2012 jej vystřídal soubor Company.cz, kdy Divadlo Komedie neslo podtitul "Centrum východní dramatiky", čímž zdůrazňovalo svou orientaci na slovanskou a východní dramatiku. Ovšem kvůli udělení nízkého grantu v roce 2016 musel i soubor Company.cz prostory opustit a po neúspěšném hledání alternativního místa nakonec i ukončit svou činnost.

V roce 2018 se Divadlo Komedie vrací mezi Městská divadla pražská.