Počátky pardubického muzea se pojí k roku 1880, kdy došlo ke schválení stanov Musejního spolku, který založila skupina místních pardubických nadšenců na záchranu mizejících historických památek. Díky zájmu veřejnosti se sbírky muzea rozšiřovaly, a s tím se pojil problém, že je nebylo kam umístit. Ten se vyřešil v roce 1920, kdy musejní spolek za příspěvku města a dalších podporovatelů zakoupil pardubický zámek, a o rok později i hrad na Kunětické hoře. Díky zmíněné koupi v roce 1920 se tak Pardubický zámek stal sídlem muzea v Pardubicích. V roce 1952 musel musejní spolek předat zámek státu, který ho spravoval, a o rok později si postátnil i sbírky.

Následoval rok 1964, ve kterém pardubické muzeum začalo užívat název Východočeské muzeum v Pardubicích, a postupně docházelo k vybudování základních expozic a rozšíření sbírek muzea. Zároveň došlo k oddělení samostatných institucí, nejprve archivu - dnes Státní okresní archív v Pardubicích, a poté galerie – dnes Východočeská galerie v Pardubicích.

Státní správa se o zámek nestarala a ten postupně chátral, a Východočeské muzeum v Pardubicích tak bylo více než 15 let pro veřejnost uzavřeno. Nicméně v roce 1994 převzalo Východočeské muzeum správu zámku, a urychlilo tak jeho obnovu. Od roku 1997 mohl být zámek znovu zpřístupněn. Východočeské muzeum v Pardubicích má ve svých sbírkách cca 750 tisíc kusů sbírkových předmětů, a společně s dalšími publikacemi vydává dva odborné periodické sborníky ročně.

Východočeské muzeum v Pardubicích patří k 20 nejvýznamnějším muzejních institucím v České republice, a jeho zřizovatel je Pardubický kraj.