Stálé expozice Muzea vznikaly postupně od roku 2009 do roku 2014 a je věnovaná dějinám města Bechyně a blízkého okolí od pravěku po současnost.

Mimo jiné zde návšěvník najde:

• archeologické nálezy z Bechyňska od doby kamenné po středověk

• poutní místo: františkánský klášter vystavěný na skále nad řekou Lužnicí známý svou sklípkovou klenbou, který byl centrem mariánské zbožnosti a svého času nejnavštěvovanějším poutním místem jižních Čech

• fotodokumentace stavby Železobetonového mostu (1926–1928), unikátní technické pamětihodnosti, která byla v r. 2014 zařazena na seznam národních kulturních památek

• Ing. Křižík a jeho realizovaný projekt na elektrickou dráhu Tábor–Bechyně tzv. „Elinku“, jež byla uvedena do provozu r. 1903
• Křižíkovy rodinné vazby k Bechyni

• selská světnička: pohled do hlavní obytné místnosti venkovského domu na konci 19. století

• historie keramických dílen a manufaktur, vznik a vývoj keramické školy