Na místě dnešního chrámu sv. Markéty stál kostel už dlouho předtím – asi 400 let, než se mu roku 1737 v podstatě dostalo současné podoby. O zakladateli, slohu, vnitřní úpravě původního kostela nejsou žádné zprávy. Z poloviny 16. století se dochovala jen zpráva o dostavbě věže^[1].

Starý kostel zničil velký požár 2. července 1631; požár tehdy zničil na 30 domů a s nimi i kostel, zámek i radnici. Kostel se obnovoval pomalu. Z kostela nezbylo takřka nic. Jen zázrakem zůstala místní farma se školou, Lhota se špitálem a stodoly na Kobylím trhu nepoškozeny. Jediné, co se z celého kostela zachránilo, byla sirotčí kniha, ve které se píše o dostavbě čtverhranné kostelní věže s cimbuřím a nárožními věžičkami, postavena roku 1562 Benešem Vlachem.

V Jaroměřicích byly v tomto období tři velké požáry, ale jen tento požár měl dopad na kostel sv. Markéty. Vymalován byl teprve v roce 1641. Vnitřní zařízení z největší části pořídil za své sám farář Martin Řehoř Staříč. Roku 1681 byl chrám nově pokryt šindelem a příštího roku byl vydlážděn vázanou dlaždicí. Nový děkan L. B. Stiller nechal roku 1689 zhotovit novou kazatelnu (autorem byl Jan Joachim Litzendorf z Rakouska) a jeho nástupce děkan P. Fr. Polach ji dal 1698 pozlatit. O vnější podobě kostela tak podrobné informace nejsou. Zde jsme odkázáni na obraz z jaroměřické zámecké obrazárny, která znázorňuje Jaroměřice před jejich velkou barokní proměnou. (Wikipedie)