Kostel byl v roce 1914 dostavěn v areálu Psychiatrické léčebny v Bohnicích v secesním stylu a byl zasvěcený sv. Václavu. Jeho projektantem byl Václav Roštlapil. Zajímavé je i např. to, že na jeho stavbě se podíleli italští a francouzští váleční zajatci.

Po slavnostním vysvěcení v roce 1919 byl předán do užívání věřícím nejen v léčebně, ale i v Bohnicích a širokém okolí. K jeho výzdobě můžeme uvést: je zdobený štukaturami od prof. Kloučka; sochy patronů lékařského cechu sv. Kosmy a Damiána jsou z dílny sochaře Hergesela ml.; barevná figurální okna i obrazy zvenčí vytvořil malíř Hlavín; fresky evangelistů jsou od malíře Obrovského, jenž je také autorem oltáře s obrazem sv. Václava a původní mramorová socha Panny Marie je z dílny sochaře Úprka…

Za druhé světové války sloužila kopule kostela jako orientační bod pro letecké útoky spojeneckých armád a německé velitelství uvažovalo o zbourání věže. Katastrofou pro kostel sv. Václava byla léta 1951–1956, kdy se s dalšími objekty areálu léčebny stal stanovištěm protivzdušné obrany Prahy a přešel do správy ministerstva národní obrany. V té době armáda interiér kostela zcela zdevastovala a vnitřní vybavení z velké části odvezla na neznámá místa. Od té doby sloužil kostel již pouze jako sklad různých materiálů.
Svého znovuzrození se dočkal až v roce 1990, kdy bylo vyhověno žádosti Psychiatrické léčebny v Bohnicích o vyklizení jeho prostor. Zároveň s tím byla zahájena i rekonstrukce. 

V roce 1993, po dohodě s Pražským arcibiskupstvím, byl kostel 11. února nově vysvěcen. Tento den byl určen záměrně, neboť byl papežem vyhlášen Dnem nemocných.

Využití kostela sv. Václava není pouze v pastorační terapii. Konají se zde pro veřejnosti adventní koncerty a v jeho prostorách jsou pravidelně slouženy mše.