Klášterní farní kostel sv. Tomáše je poměrně velký Římskokatolický chrám postavený při augustiniánském klášteře na Malé Straně. Kostel byl založen již ve 13. století, jeho současná, vrcholně barokní podoba pochází z doby po přestavbě v 1. polovině 18. století.

Kostel byl vybudován v letech 1285 až 1379 na místě stejnojmenného staršího kostela, který byl nejspíš současně s výstavbou nového postupně bořen.

V červnu 1420 byl kostel vypálen, později vyhořel ještě v roce 1541 při velkém požáru Malé Strany. Zhruba v polovině 16. století probíhaly jeho opravy v renesančním slohu.