Studium tělesné výchovy má na Univerzitě Palackého dlouhou tradici. Už v době obnovení olomouckého vysokého učení v roce 1946 fungoval v budově v Hynaisově ulici Ústav pro vzdělávání profesorů tělesné výchovy, z něhož se později stala Katedra tělesné výchovy.

Už před rokem 1989 se přitom objevovaly snahy zřídit pro výchovu a vzdělávání učitelů tělesné výchovy a dalších profesí souvisejících s pohybem člověka samostatnou fakultu, realizace ovšem došly až na samém počátku 90. let. Po souhlasu ministerstva školství schválil Akademický senát UP na svém zasedání 27. srpna 1990 zřízení Fakulty tělesné kultury jako nové součásti svazku Univerzity Palackého. Fakulta, kterou v začátcích tvořilo šest kateder a laboratoř lidské motoriky, zahájila činnost 1. ledna 1991. Prvním děkanem byl zvolen Bohuslav Hodaň.

V současnosti tvoří Fakultu tělesné kultury osm pracovišť: Katedra aplikovaných pohybových aktivit, Katedra fyzioterapie, Katedra přírodních věd v kinantropologii, Katedra rekreologie, Katedra společenských věd v kinantropologii a Katedra sportu, dále pak Institut aktivního životního stylu a Aplikační centrum BALUO.