Snahy o zřízení zlínského muzea korunovalo v r. 1953 ustavení Krajského muzea, které zastřešilo dosavadní sbírkotvornou činnost městského muzea a firmy Baťa. První pokus o založení městského muzea iniciovala zlínská radnice v r. 1924 neúspěšně.Ve 30. letech se znovu objevily snahy zřídit ve Zlíně muzeum.V r. 1935 bylo muzeum přijato do Svazu československých muzeí pod názvem Museum města Zlína. Jeho existence však zůstávala více méně na papíře a sbírky byly odkázány na dobrovolnou péči. Teprve v r. 1944 dochází k obratu. Na základě ujednání s vedením Baťových závodů byla městským sbírkám vyčleněna jedna etáž v Památníku T. Bati. Městské muzeum bylo otevřeno 13. 2. 1944. V listopadu 1946 byly městské sbírky převezeny z Památníku poškozeného náletem do zámku Lešná a byly obohaceny o část sbírek hrabat Seilernů, bývalých majitelů Lešné. V letech 1951-52 byla část sbírek převezena do malenovického hradu. V září 1952 převzalo muzeum podle dohody mezi KNV Gottwaldov a n. p. Svit přírodovědné sbírky a sbírky obuvi z bývalého Studijního ústavu a Památníku T. Bati. Baťovské sbírky byly shromažďovány z iniciativy firmy už od počátku 30. let, nejprve kolekce historické a exotické obuvi, později sbírky přírodovědné a další.V lednu 1953 zahájilo činnost Krajské muzeum v Gottwaldově. Zpočátku bylo umístěno na hradě v Malenovicích, v r. 1955 se přestěhovalo do Lešné a od r. 1958 se natrvalo stal jeho sídlem zlínský zámek. V r. 1958 bylo spojeno s krajskou galerií v jednu instituci s názvem Krajský vlastivědný ústav. Po zrušení gottwaldovského kraje v r. 1960 došlo k reorganizaci a změně názvu na Oblastní muzeum a galerie v Gottwaldově. V r. 1961 se galerie opět osamostatnila a muzeum rozšířilo svůj název na Oblastní muzeum jihovýchodní Moravy v Gottwaldově. K poslední změně došlo v r. 1990 v souvislosti s navrácením původního jména městu. Od té doby existuje muzeum pod názvem Muzeum jihovýchodní Moravy ve Zlíně.