Agent 47 (Rupert Friend) není obyčejný člověk, představuje vyvrcholení desetiletí trvajícího tajného genetického výzkumu. Stojí na konci vývojové řady, jeho existence navazuje na čtyřicet šest předchozích klonovaných agentů obdařených neuvěřitelnou silou, rychlostí, vytrvalostí a inteligencí.

Agent 47 je elitním a dokonalým zabijákem, který byl pomocí genetických experimentů vyšlechtěn jako dokonalý vražedný stroj. Jeho nadcházejícím cílem je korporace, která má v úmyslu zmocnit se vytvořeného genu a pomocí něj vytvořit armádu zabijáků, jejichž schopnosti předčí dokonce i vlastnosti agenta 47.

Uspěje? Nebo se stane její kořistí a zdrojem další zkázy? Ve svém osamělém boji se 47 spojí s Katiou van Dees (Hannah Ware), mladou ženou, která je schopná zodpovědět většinu otázek týkajících se jeho původu a zároveň střeží tajemství umožňující odhalit a především zničit nepřátelskou spikleneckou korporaci.

Vše směřuje k závěrečné epické bitvě, v níž proti nim stojí v čele armády protivníků lstivý John Smith (Zachary Quinto).