Modrá planeta se ocitla na pokraji zkázy vinou intrik mocné organizace Cobra, která má s G. I. Joe nevyřízené účty. Jak moc leží jejím vůdcům v žaludku, se ukáže ve chvíli, kdy rafinovanou lstí ovládnou Bílý dům a z Oválné pracovny označí příslušníky této jednotky za vlastizrádce a zahájí jejich řízenou likvidaci. Pár přeživších může jen nečinně přihlížet tomu, jak si vůdci Cobry s prstem na jaderném tlačítku podmaňují celý svět.

Ve chvíli, kdy zoufalství vrcholí, zrodí se plán s krycím označením „Druhá americká revoluce“. Jeho klíčovou součástí je angažování Josepha Coltona (Bruce Willis), vůbec prvního velitele G. I. Joe, který už pár podobných krizí zažil. Je otázkou, zda budou zkušenosti muže, který už byl na odpočinku, stačit k tomu, aby se rovnováha sil natrvalo vychýlila ve prospěch G. I. Joe.