Bývalý laický kostel sv. Markéty byl součástí obrovského areálu kláštera Zlaté Koruny, vznikl u brány kláštera pravděpodobně v druhé polovině 14. století. Samotná klášterní brána byla zbořena v šedesátých letech minulého století. Umístění kláštera ukazuje, jak mohutný areál zlatokorunského kláštera býval a jak velký význam měl.

Kostel sv. Markéty sloužil laickým návštěvníkům a personálu kláštera, klášterní chrám byl totiž vyhrazen pouze řeholníkům. Svému účelu sloužil do roku 1785, kdy byl klášter i kostel zrušen. Zatímco klášter Zlaté koruny se renovuje a je označen jako Národní kulturní památka, kostel sv. Markéty je dnes zcela prázdný a chátrá.