Kostel svatého Michaela (archanděla) byl postaven zhruba ve dvanáctém století původně v románském stylu, později byly provedeny gotické a barokní úpravy.

Již tehdy šlo o jednu z významnějších církevních staveb na Starém Městě. Byl místem posledního odpočinku vedoucích představitelé města i království. Od roku 1402 zde kázal Mistr Jan Hus a na faře se odehrávaly disputace univerzitních mistrů.

Kostel sloužil církevním účelům do ruku 1786 - tehdy byl během reforem zrušen Josefem II. Kostel byl jen různě upravován pro světské účely, sloužil převážně jako sklad až do dob komunismu. Tehdy se dostal do vlastnictví Národní knihovny, která ho po listopadu 1989 pronajala.

Provozovaly se tu kontroverzní Mystery show, noční klub, v plánu byla dokonce i přestavba na obchodní centrum. Momentálně je kostel uzavřen. O jeho navrácení žádala i katolická církev, ovšem stále neúspěšně.