Nový a zcela unikátní, právě vytvářený archiv samizdatové a exilové literatury sídlí ve stejné budově jako Oddělení dějin literatury, bylo mu přiděleno celé patro. V současné době zde najdeme např. část archivu Pavla Kohouta a jeho ženy Jeleny Mašínové, archiv a část knihovny spisovatele Jiřího Gruši, stejně jako spisovatele Oty Filipa.

Tím se naskytla možnost, aby někteří z autorů měli svou vlastní místnost, v které jsou uloženy jejich publikace, knihy, dopisy, rukopisy a tiskopisy, fotografie, nahrávky, filmy apod. Vzhledem k tomu, že se zde často nacházejí i osobní drobnosti daných osobností, vzniká tak unikátní příležitost pro badatele, který může zkoumat objekt svého bádání přímo v jeho prostředí.

Zcela mimořádnou hodnotu představují materiály tzv. Podzemní univerzity, zřizované za pomoci londýnské nadace Jan Hus Educational Foundation. I když je toto pododdělení zatím ve stadiu vzniku, mohou badatelé po dohodě s kurátory těchto sbírek využít pro své studium či publikace.

Cílem je nejen zachovat a zaznamenat kulturní činnost osobností 20. století, ale pomocí výstav, přednášek a prací případných badatelů udržet zájem a informovat veřejnost o nedávných událostech našich kulturních dějin. Dokumenty jsou nejen přístupny k osobnímu studiu, ale také průběžně digitalizovány a ošetřeny tak, aby mohly sloužit i dalším generacím.