Rozsáhlý areál Klementina byl založen jezuity po jejich příchodu do Čech v roce 1556.

Od počátků svého působení jezuité v areálu provozovali školu, v roce 1622 povýšenou na univerzitu. Kromě tříd a prostor pro řádovou komunitu si v Klementinu vybudovali také knihovnu, tiskárnu, lékárnu, divadlo a samozřejmě chrámové stavby.

Roku 1654 byla klementinská univerzita spojena s Karlovou, jezuitům byla předána i její knihovní sbírka. Jezuité museli Klementinum po zrušení řádu v roce 1773 opustit, univerzita zde však přetrvala. V roce 1930 se filozofická fakulta univerzity stěhuje do nové budovy a Klementinum se stává sídlem Národní knihovny.

V současné době lze v rámci prohlídky navštívit Barokní knihovní sál, Meridiánovou síň a Astronomickou věž.