Výstavní pavilon v zahradě u Muzea Dr. Karla Hostaše byl postaven v 60. letech 20. století v tzv. akci „Z“ pro výstavy klatovských karafiátů. Později byl ale využíván pro účely převážně amatérských uměleckých výstav (např. AMTEX), které bývaly velmi populární. V 80. letech byl pavilon rekonstruován, ale záhy začal sloužit jen jako depozitář muzea.

Jako součást muzea později přešel do majetku nově vzniklého Plzeňského kraje. V roce 2012 se podařilo Městu Klatovy získat pavilon zpět výměnou s krajem a to otevřelo cestu k jeho revitalizaci. Na jaře 2013 vypsalo město Klatovy architektonickou soutěž na úpravu pavilonu a v ní zvítězil projekt studia Ateliér 25 architektů Martina Kožnara a Jiřího Bízy. Jejich projekt zaujal jednoduchou nápaditostí řešení i koncepcí prostoru jako zóny klidu a světla.

Pavilon skla byl slavnostně otevřen 15. srpna 2014. Nachází se v něm expozice šumavského skla firmy Lötz, kterou doplňují příležitostné výstavy.