Majitelem původně gotického hradu se na konci 15. století stal rod Pernštejnů. Na přelomu 16./17. století se Přerov dostal do držby Karla staršího ze Žerotína, za něhož vyvrcholila přestavba hradu na renesanční zámek. Větší stavební úpravy v interiérech i exteriérech zámku provedli až v první polovině 19. století Antonín hrabě Magnis a jeho syn Vilém. Již na konci 19. století přestal zámek sloužit k účelu bydlení. Po vzniku Československa převzalo zámek město Přerov, které se rozhodlo přizpůsobit interiéry zámku pro muzejní expozice a depozitáře. Muzeum Komenského bylo do prostor zámku přestěhováno na počátku třicátých let 20. století, kterých dodnes využívá pro muzejní účely.