Nejstarší chomutovský kostel pochází z druhé čtvrtiny 13. století. Byl již zřejmě součástí panského dvora Bedřicha z Chomutova, syna Načeratova (Fridericus de Chomutov, filius Nacherati). Z té doby se dochovala příčná loď v románsko-gotickém stylu. V roce 1252 Bedřich věnoval město řádu německých rytířů, který sídlo přestavěl na řádovou komendu a postavil dnešní presbytář kostela s pětibokým závěrem. Komenda a kostel byly poškozeny husitským pleněním města v roce 1421. Od 80. let 15. století do 20. let 16. století prošly přestavbou na reprezentativní rodové sídlo Veitmilů.
Pohlcením do nového organismu zámku tak zanikla původní hlavní loď i západní věž kostela. Dodnes se z nich dochovalo jen obvodové zdivo a několik málo fragmentů původní klenby. Další úpravy kostela pocházejí z poslední třetiny 16. století z období luteránsky orientovaných Lobkoviců, kteří si v chrámu vytvořili rodové pohřebiště. V roce 1598 byl zámekponičen velkým požárem a do roku 1627 přestavěn na radnici.
Kostel byl již po roce 1589 spravován jezuitským řádem. Po zrušení řádu v roce 1773 byl odsvěcen a jeho vybavení bylo rozprodáno či odvezeno. Poté byl využíván jako skladiště, sýpka i vozovna a postupně chátral. Celkové rekonstrukce a opravy se dočkal až na konci 20. století.
