Muzeum využívá historicky nejvýznamnější prostory starobylé radnice, vzniklé z původního sídla řádu německých rytířů, zakladatelů města. Stavební proměny gotického řádového domu s kostelem na zámek, v průběhu staletí několikrát přestavovaný, přinesly neopakovatelnou kombinaci stavebních slohů, zachovaných autentických stavebních prvků, romantických zákoutí a překvapivých pohledů.

Líbezný Mnišský dvorek, prostor jako stvořený pro klidné posezení mezi kamennými plastikami uprostřed rušného města, připomíná prastarou pověst o strážci města. Původní muzejní prostory, užívané od 30. let 20. století, byly v nedávné době propojeny novým točitým schodištěm s gotickým kostelem sv. Kateřiny, nejstarší stavební památkou z doby kolem r. 1260. Kostel prošel nákladnou rekonstrukcí a jeho vnitřní prostor odkrývá jedinečné spojení gotického a renesančního uměleckého výrazu, umocněného duchovním obsahem prostoru, téměř již odsouzeného ke zkáze. Při příležitosti

Dnů evropského dědictví a Dne památek jsou pravidelně zpřístupněny i reprezentační prostory primátora města a klenotnice s výmalbou Tobiášovy legendy. Všechny prostory jsou využity pro stálé expozice a krátkodobé výstavy, pouze z malé části pro správu muzea.