Muzeum v Jindřichově Hradci bylo založeno v roce 1882 a od roku 1927 sídlí v renesanční budově bývalého jezuitského semináře na Balbínově náměstí.

V roce 1935 muzeum získalo svůj nejatraktivnější exponát, Krýzovy jesličky. V roce 1951 se stalo okresním muzeem až do roku 2003, kdy se jeho zřizovatelem stal Jihočeský kraj, a instituce byla přejmenována na Muzeum Jindřichohradecka. Od 80. let minulého století muzeum spravuje rozsáhlý komplex kostela sv. Jana Křtitele a bývalého minoritského kláštera ve Štítného ulici, který prošel náročnou rekonstrukcí. V současné době jsou v areálu umístěny pracovny muzea, knihovna s badatelnou, konferenční sál, výstavní prostory a expozice. Muzeum Jindřichohradecka uchovává ve své sbírce přes 70 tisíc položek, což představuje více než 100 tisíc sbírkových předmětů mimořádné historické, umělecké a dokumentační hodnoty.