Na území hradčanské farnosti se nachází vojenský kostel sv. Jan Nepomuckého spravovaný římskokatolickou duchovní správou.

Vysvěcen byl 21. srpna 1729 krátce po svatořečení Jana Nepomuckého, který se stal jeho patronem. Klenba kostela je zdobena freskami Václava Vavřince Reinera znázorňujícími výjevy ze života sv. Jana Nepomuckého.

Po zrušení kláštera roku 1784 přestal prostor sloužit svému účelu a stal se skladištěm. Věřícím začal kostel opět sloužit až od roku 1861, kdy se stal evangelickým kostelem pražské vojenské posádky a od roku 1902 katolickým kostel kadetní školy. V důsledku únorových událostí roku 1948 a postupného rušení vojenské duchovní služby byl kostel uzavřen a později pro nepotřebnost převeden do vlastnictví pražského arcibiskupství.