Klub vznikl v roce 1993 právě v době, kdy se zavíral legendární klub Harlem na Spolkové ulici a byl po několik sezón hlavním útočištěm brněnské undergroundové scény. Do roku 1996 se profiloval jako převážně koncertní klub, kde se konalo až 20 koncertů měsíčně, což je z dnešního pohledu neuvěřitelné. Připomeňme koncerty skupin Dunaj, Tichá Dohoda, Pusa, Insania, Zeměžluč, 13. Století, Sto zvířat, ale i desítky zahraničních kapel jako La Mano, A Subtle Plague, Nikki Sudden and the Jacobites...atp.

S příchodem dramaturga L.P.Fishe se Mersey transformoval v roce 1995 na taneční klub, kde se konaly desítky tanečních parties a kde vzniklo renomované djské trio Javas & Vik & Koala (Sound Of Mersey).Jezdily sem i veličiny světového formátu jako Jazz Noc Bazz, JDJ ...atp. S boomem tanečních parties však přišel první téměř zánik klubu - striktní omezení hudebních produkcí do 22. hodiny vydané v roce 1998 hygienickou stanicí.

Klub Mersey se na 7 let stáhl do ústraní a investoval do řady protihlukových opatření, stále však existoval, byť v podobě studentské hospody. V té době zde vznikla největší brněnská root (ke kořenům rocku) oldies party nejdříve Vlasatý večírek, pak Mersey Oldies Party. V roce 2005 prošel klub velkou rekonstrukcí a v roce 2008 zde nastoupil nový dramaturg Robert Rohlínek, který určuje směr kulturního dění v Mersey progresivním směrem, orientovaným na aktuální trendy - nu rave, electro a hip hop.