Počátky dnešního zámku Pardubice se dle archeologických nálezů datují do konce 13. století. K přestavbě původního vodního hradu došlo ve 14. století za pánů z Pardubic, nicméně z jeho podoby lze vysledovat pouze neúplné zlomky. Další přestavba následovala po husitských válkách, kdy došlo k obklopení hradu kamennou hradbou s nárožními věžicemi a se střílnami pro ruční palné zbraně, ale také pro děla.

V roce 1490 koupil kunětickohorské a následně i pardubické panství moravský velmož Vilém z Pernštejna, který celý areál přestavěl na palác s čtyřkřídlou dispozicí, aby vyhovoval nárokům pronikajícího renesančního stylu života aristokracie. Ve střední Evropě nemá takovýto stavební objekt, v takovém stupni dochování urbanistického řešení, a na tak prostorném areálu obdobu.

V roce 1953 se stal pardubický zámek vlastnictvím státu. Zámek Pardubice chátral, a až na konci 70. let se dočkal rozsáhlé rekonstrukce. Nicméně rekonstrukce postupovala pomalu, a teprve v roce 1993, kdy si to vzalo na starost Východočeské muzeum, se podařilo opravy zámku urychlit. A od konce roku 1997 mohl být zámek konečně po tolika letech zpřístupněn veřejnosti.

Vlastníkem pardubického zámku se stal v roce 2001 Pardubický kraj, a od roku 2016 je majetkem kraje i tzv. Přihrádek. Zámek nadále užívá Východočeské muzeum v Pardubicích, kdy v jedné z hospodářských budov má sbírkové předměty a část výstavních prostor pak Východočeská galerie v Pardubicích.

V roce 2010 získal objekt zámku Pardubice statut Národní kulturní památka České republiky.